DEPARTEMENTS ET EQUIPES / 
Diversité du transcriptome des cellules souches

CONTACT

Mathieu Gabut
Chef d'équipe
mathieu.gabut@inserm.fr
04 69 85 60 92

Cheney A, 4ème étage
Centre Léon Bérard
28 rue Laennec
69008 LYON
FRANCE

GABUT Mathieu
Chef d'équipe, CRCN Inserm
mathieu.gabut@inserm.fr


Curriculum vitae

DURAND Sébastien

Chercheur CRCN Inserm
sebastien.durand@inserm.fr

DUCRAY François

Neuro-oncologue PUPH, HCL
francois.ducray@chu-lyon.fr

MEYRONET David

Neuro-pathologiste MCU-PH, HCL
david.meyronet@chu-lyon.fr

BARRITAULT Marc

Assistant hopitalo-universitaire, HCL
marc.barritault@chu-lyon.fr

BOURDELAIS Fleur
Ingénieur d'étude CLB
fleur.bourdelais@lyon.unicancer.fr
ISAAC Caroline

Assistante Ingénieur
caroline.isaac@lyon.unicancer.fr

BERABEZ Nabila
Etudiante en thèse UCBL
nabila.berabez@lyon.unicancer.fr
BENNYCHEN Bigitha
ERASMUS student
University of Leicester UK
GENTAZ Pauline
Etudiante M2 recherche Cancérologie 2.0
PICART Thiébaud
Neurochirurgien
Etudiant en M2 recherche UCBL
DIOT Thomas
Etudiant M2 bioinformatique UCBL
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Collaborations
Corinne Augé-Gouillou, Université de Tours. (cliquez ici)
Alexandra Benchoua, iSTEM (cliquez ici)
Yohann Couté, CEA. Grenoble. (cliquez ici)
Jean-Jacques DIAZ, CRCL. (cliquez ici)
Dr. Didier Frappaz, iHOPE. Lyon.
Pr. Jérome Honnorat, Institut Neuromyogène. Lyon. (cliquez ici)
Vincent Lacroix, LBBME. Lyon. (cliquez ici)

Pr Iouri Motorine. IMOPA, Université de Lorraine.  (cliquez ici)
Olivier NAMY, I2BC. Saclay. (cliquez ici)
Claude Pasquier. I3S. Nice. (cliquez ici)
Jean-Paul Rieux, Institut Lumière Matière UCBL (cliquez ici)
Thierry Virolle. iBV. Nice. (cliquez ici)

Financements

Programme ATIP-AVENIR 2014-2018 Plan Cancer/Inserm/Fondation ARC

Contexte Scientifique et Médical

Les cellules souches jouent un rôle clé lors du développement ainsi que dans l’homéostasie de nombreux tissus adultes. Les cellules souches embryonnaires (CSE) possèdent la propriété unique de s’auto-renouveler tout en restant pluripotentes afin de générer tous les types cellulaires qui composent un embryon. En dehors de ces contextes physiologiques conservés au cours de l’évolution, d’autres types de cellules présentent des propriétés similaires et sont associées à des pathologies, en particulier des cancers. En effet, les cellules souches cancéreuses (CSC) ont été mises en évidences dans les leucémies et dans différents types de tumeurs solides, telles que les tumeurs primaires du cerveau. Les CSC présentent des propriétés d’auto-renouvèlement, de multipotence et de plasticité cellulaire qui contribuent à l’hétérogénéité cellulaire des tumeurs et à la résistance aux traitements anti-cancéreux.

Dans ce contexte, notre équipe combine différentes approches transcriptomiques, de biologie cellulaire et de biophysique afin de mieux caractériser le rôle émergent de mécanismes post-transcriptionnels de l'expression des gènes dans le contrôle des propriétés intrinsèques et de l'identité des CSE ainsi que de CSC responsables de tumeurs cérébrales pédiatriques (médulloblastomes) et chez l'adulte (GBM: glioblastomes).

Projets de Recherche

Des travaux récents ont permis de mettre en évidence que différents mécanismes post-transcriptionnels de régulation de l’expression des gènes jouent un rôle clé dans le contrôle du devenir des cellules souches, au même titre que les modifications épigénétiques et la régulation de la transcription.
D’une part, nous avons établi que l’épissage alternatif est régulé dans les cellules souches embryonnaires et dans les cellules pluripotentes induites (iPSC), d’origine murine ou humaine, afin de permettre l’expression de programmes d’épissage coordonnés qui favorisent l’identité naïve des cellules souches (Gabut et al., Cell. 2011) (Han et al., Nature. 2013).
D’autre part, des données récentes suggèrent que la machinerie de traduction elle-même joue un rôle important dans le contrôle de l’expression des gènes dans les cellules souches. De plus, la composition du ribosome peut être modifiée dans certains contextes, amenant au concept de ribosome spécialisé qui propose que les cellules produisent différents types de ribosomes en fonction de leurs besoins traductionnels, y compris dans des cas pathologiques tels que les cellules cancéreuses.
Notre hypothèse est que la plasticité des cellules souches est contrôlée par la régulation coordonnée de la diversité du transcriptome (par épissage alternatif en particulier) et de la machinerie moléculaire qui interprète le transcriptome : les ribosomes. 

Projets de recherche :
Dans ce contexte, notre équipe a pour objectifs de mieux définir le rôle de l'épissage alternatif et de la plasticité des ribosomes dans la régulation des mécanismes moléculaires qui contrôlent le maintien de l’identité des cellules souches normales (CSE) et cancéreuses (CSC). Nos travaux visent en particulier à :
1- définir la fonction des programmes d'épissage exprimés dans les CSE et les CSC pour le maintien des propriétés de pluripotence et d'auto-renouvèlement de ces cellules.
2- identifier les facteurs et les voies de signalisation qui coordonnent ces programmes d'épissage dans les cellules souches.
3- démontrer l’existence de ribosomes spécialisés dans les CSE et caractériser leur rôle dans le contrôle de la traduction.
4- caractériser l’impact du contrôle de la traduction sur l’homéostasie de CSE et les propriétés tumorigéniques des CSC.

 

Lab NEWS(cliquez ici)

Anciens membres de l'équipe (cliquez ici)

PUBLICATIONS

2016

Durand S, Franks T, Lykke-Andersen J: “Hyperphosphorylation amplifies UPF1 activity to resolve stalls in nonsense-mediated mRNA decay”. Nat Comm. 2016 7:12434 (PMID: 27511142)

2015

Mocquet V, Durand S, Jalinot P: “How Retroviruses Escape the Nonsense-Mediated mRNA Decay?" AIDS research and human retroviruses, 2015. (PMID: 26066561)

Toma KG, Rebbapragada I, Durand S* and Lykke-Andersen J*: “Identification of 3’UTR Elements that Inhibit Nonsense-Mediated Decay” RNA 2015. (5):887-97. (PMID: 25805855)

Ruiz S, Lopez-Contreras AJ, Gabut M, Marion RM, Gutierrez-Martinez P, Bua S, Ramirez O, Olalde I, Rodrigo-Perez S, Li H, Marques-Bonet T, Serrano M, Blasco MA, Batada NN, Fernandez-Capetillo O. "Limiting replication stress during somatic cell reprogramming reduces genomic instability in induced pluripotent stem cells." Nat Commun. 2015. 6:8036. (PMID: 26292731)

2013

Han H, Irimia M, Ross PJ, Sung HK, Alipanahi B, David L, Golipour A, Gabut M, Michael IP, Nachman EN, Wang E, Trcka D, Thompson T, O'Hanlon D, Slobodeniuc V, Barbosa-Morais NL, Burge CB, Moffat J, Frey BJ, Nagy A, Ellis J, Wrana JL, Blencowe BJ. MBNL proteins repress ES-cell-specific alternative splicing and reprogramming. Nature. 2013. 498(7453):241-5. [PMID: 23739326]

Durand S and Lykke-Andersen J: “Nonsense-mediated mRNA decay occurs during eIF4Fdependent translation in human cells”. Nat Struct Mol Biol., 2013. 20(6):702-9. (PMID: 23665580) 

2012

Gabut M. Pluripotence des cellules souches: quand l’épissage alternatif s’en mêle. Médecine Sciences. 2012. 28(4):372-4. [PMID: 22549864]

2011

Gabut M, Samavarchi-Tehrani P, Wang X, Slobodeniuc V, O’Hanlon D, et al. An Alternative Splicing Switch Regulates Embryonic Stem Cell Pluripotency and Reprogramming. Cell. 2011. 17(1):132-146 [PMID: 21924763]

Durand S and Lykke-Andersen J: “Nonsense-mediated mRNA decay”. Cell. 2011. 145(2):324-324.e2. (PMID: 21496649)

2009

Calarco JA, Superina S, O'Hanlon D, Gabut M, Raj B, et al. Regulation of vertebrate nervous system alternative splicing and development by an SR-related protein. Cell. 2009. 138(5):898-910. [PMID: 19737518].

2008

Gabut M, Chaudhry S, Blencowe BJ. The splicing regulatory machinery. Cell. 2008. 133(1):192.e1. [PMID: 18394998].

Chavey C, Muhlbauer M, Bossard C, Freund A, Durand S, Jorgensen C, Jobin C, Lazennec G. “Interleukin-8 expression is regulated by histone deacetylases through the NF-{kappa}B pathway in breast cancer” Molecular Pharmacology 2008 (PMID: 18669446) 

2007

Gabut M, Dejardin J, Tazi J, Soret J. The SR family proteins B52 and dASF/SF2 modulate development of the Drosophila visual system by regulating specific RNA targets. Mol Cell Biol. 2007. (8):3087-97. [PMID: 17283056].

Durand S, Cougot N, Mahuteau-Betzer F, Nguyen CH, Grierson DS, Bertrand E, Tazi J and Lejeune F “Inhibition of nonsense-mediated mRNA decay (NMD) by a novel chemical molecule reveals the dynamic of NMD factors in P-bodies”. Journal of Cell Biology, 2007 Sept24; 178(7):1145-1160 (PMID: 17893241) 

2006

Soret J, Gabut M, Tazi J. SR proteins as potential targets for therapy. Prog Mol Subcell Biol. 2006. 4:65-87. [PMID: 17076265].

2005

Soret J, Bakkour N, Maire S, Durand S, Zekri L, Gabut M, et al. Selective modification of alternative splicing by indole derivatives that target serine-arginine-rich protein splicing factors. PNAS. 2005. 102(24):8764-9. [PMID: 15939885].

Gabut M, Miné M, Marsac C, Brivet M, Tazi J, Soret J. The SR protein SC35 is responsible for aberrant splicing of the E1alpha pyruvate dehydrogenase mRNA in a case of mental retardation with lactic acidosis. Mol Cell Biol. 2005. (8):3286-94. [PMID: 15798212].

Soret J, Bakkour N, Maire S, Durand S, Zekri L, Gabut M, Fic W, Divita G, Rivalle C, Dauzonne D, Nguyen CH, Jeanteur P, Tazi J. “Selective modification of alternative splicing by indole derivatives that target serine-arginine-rich protein splicing factors”. PNAS, 2005 Jun 14;102(24):8764-9  (PMID: 15939885)

Tazi J, Durand S, Jeanteur P: “The spliceosome: a novel multi-faceted target for therapy”. Trends in Biochemical Sciences, 2005 Aug; 30(8):469-78 (PMID: 16009556)

2004

Freund A, Jolivel V, Durand S, Kersual N, Chalbos D, Chavey C, Vignon F, Lazennec G “Mechanisms underlying differential expression of interleukin-8 in breast cancer cells”. Oncogene, 2004 Aug 12;23(36):6105-14 (PMID: 1208657)

2003

Soret J*, Gabut M*, Dupon C, Kohlhagen G, Stévenin J, et al. Altered serine/arginine-rich protein phosphorylation and exonic enhancer-dependent splicing in Mammalian cells lacking topoisomerase I. Cancer Res. 2003. 63(23):8203-11. [PMID: 14678976]. (* co-first authors)

Bantignies F, Grimaud C, Lavrov S, Gabut M, Cavalli G. Inheritance of Polycomb-dependent chromosomal interactions in Drosophila. Genes Dev. 2003. 17(19):2406-20. [PMID: 14522946].
CENTRE DE RECHERCHE EN CANCEROLOGIE DE LYON (CRCL)
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