DÉPARTEMENTS ET ÉQUIPES / Plasticité des cellules cancéreuses / 
Diversité du transcriptome des cellules souches

CONTACT

Mathieu Gabut
Chef d'équipe
mathieu.gabut@inserm.fr
04 26 55 67 45

Cheney A, 4ème étage
Centre Léon Bérard
28 rue Laennec
69008 LYON
FRANCE

GABUT Mathieu
Chef d'équipe, CR1 Inserm
mathieu.gabut@inserm.fr

Curriculum vitae

DUC Anne-Cécile

Assistante chercheur CLB
AnneCecile.DUC@lyon.unicancer.fr


BERABEZ Nabila

Ingénieur d'étude
Nabila.BERABEZ@lyon.unicancer.fr

BOURDELAIS Fleur

Ingénieur d'étude
Fleur.BOURDELAIS@lyon.unicancer.fr

Bruelle Marion

Etudiante en thèse

Vuillet Marthe
Etudiante en Master 2 Recherche
Bonnet Charlotte

Etudiante en Médecine
Etudiante en Master 2 Recerche

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Collaborations

Didier Auboeuf, LBMC ENS Lyon (cliquez ici)
Pr. Jérome Honnorat, Centre de Recherche en Neurosciences de Lyon (cliquez ici)
Alexandra Benchoua, iSTEM (cliquez ici)
Pr. Benjamin Blencowe, Donnelly Centre, Université de Toronto (cliquez ici)

Financements

Programme ATIP-AVENIR 2015-2018 Plan Cancer / Fondation ARC / Inserm / Fondation pour la Recherche Médicale / La Ligue: comité du Rhône et Ligue Nationale

OBJECTIFS

L’épissage alternatif est une étape cruciale de la maturation des ARN messagers qui permet de réguler finement l’expression des gènes ainsi que la diversité du protéome en fonction de l’identité ou de l’activité physiologique des cellules. Nos travaux récents ont démontré que l’épissage alternatif joue également un rôle clé dans le contrôle du devenir des cellules souches embryonnaires.

En combinant différentes approches transcriptomiques et de biologie cellulaire, notre équipe a pour objectif d’identifier les mécanismes qui coordonnent la régulation de l’épissage alternatif dans les cellules souches embryonnaires et dans un modèle de cellules souches cancéreuses responsables des tumeurs primaires du cerveau les plus fréquentes: les glioblastomes.

PROJETS

Ces travaux ont permis l’émergence d’un nouveau concept qui positionne la régulation de l’épissage alternatif au centre des mécanismes qui définissent le destin des cellules souches, au même titre que les modifications épigénétiques et la régulation de la transcription.

Projets de recherche :
Dans ce contexte, notre équipe a pour objectif de mieux définir le rôle de l'épissage alternatif dans la régulation des mécanismes moléculaires qui contrôlent le maintien de l’identité des cellules souches. Nous développons cette problématique de recherche à la fois dans le contexte d'un modèle de cellules souches normales, les CSE, et d'un modèle de cellules souches pathologiques: les cellules souches cancéreuses impliquées dans les glioblastomes qui représentent les tumeurs cérébrales primaires les plus fréquentes.

Nos travaux visent en particulier à:
1- définir la fonction des programmes d'épissage exprimés dans les CSE pour le maintien des propriétés de pluripotence et d'auto-renouvèlement de ces cellules.
2- identifier les facteurs et les voies de signalisation qui coordonnent ces programmes d'épissage dans les CSE.
3- caractériser le rôle de l'épissage alternatif pour la survie et les propriétés tumorigéniques des cellules souches cancéreuses impliquées dans le glioblastome.

PUBLICATIONS

2013

Han H, Irimia M, Ross PJ, Sung HK, Alipanahi B, David L, Golipour A, Gabut M, Michael IP, Nachman EN, Wang E, Trcka D, Thompson T, O'Hanlon D, Slobodeniuc V, Barbosa-Morais NL, Burge CB, Moffat J, Frey BJ, Nagy A, Ellis J, Wrana JL, Blencowe BJ. MBNL proteins repress ES-cell-specific alternative splicing and reprogramming. Nature. 2013. 498(7453):241-5. [PMID: 23739326] 

2012

Gabut M. Pluripotence des cellules souches: quand l’épissage alternatif s’en mêle. Médecine Sciences. 2012. 28(4):372-4. [PMID: 22549864]

2011

Gabut M, Samavarchi-Tehrani P, Wang X, Slobodeniuc V, O’Hanlon D, et al. An Alternative Splicing Switch Regulates Embryonic Stem Cell Pluripotency and Reprogramming. Cell. 2011. 17(1):132-146 [PMID: 21924763]

2009

Calarco JA, Superina S, O'Hanlon D, Gabut M, Raj B, et al. Regulation of vertebrate nervous system alternative splicing and development by an SR-related protein. Cell. 2009. 138(5):898-910. [PMID: 19737518].

2008

Gabut M, Chaudhry S, Blencowe BJ. The splicing regulatory machinery. Cell. 2008. 133(1):192.e1. [PMID: 18394998]. 

2007

Gabut M, Dejardin J, Tazi J, Soret J. The SR family proteins B52 and dASF/SF2 modulate development of the Drosophila visual system by regulating specific RNA targets. Mol Cell Biol. 2007. (8):3087-97. [PMID: 17283056].

2006

Soret J, Gabut M, Tazi J. SR proteins as potential targets for therapy. Prog Mol Subcell Biol. 2006. 4:65-87. [PMID: 17076265].

2005

Soret J, Bakkour N, Maire S, Durand S, Zekri L, Gabut M, et al. Selective modification of alternative splicing by indole derivatives that target serine-arginine-rich protein splicing factors. PNAS. 2005. 102(24):8764-9. [PMID: 15939885].

Gabut M, Miné M, Marsac C, Brivet M, Tazi J, Soret J. The SR protein SC35 is responsible for aberrant splicing of the E1alpha pyruvate dehydrogenase mRNA in a case of mental retardation with lactic acidosis. Mol Cell Biol. 2005. (8):3286-94. [PMID: 15798212].

2003

Soret J*, Gabut M*, Dupon C, Kohlhagen G, Stévenin J, et al. Altered serine/arginine-rich protein phosphorylation and exonic enhancer-dependent splicing in Mammalian cells lacking topoisomerase I. Cancer Res. 2003. 63(23):8203-11. [PMID: 14678976]. (* co-first authors)

Bantignies F, Grimaud C, Lavrov S, Gabut M, Cavalli G. Inheritance of Polycomb-dependent chromosomal interactions in Drosophila. Genes Dev. 2003. 17(19):2406-20. [PMID: 14522946].
CENTRE DE RECHERCHE EN CANCEROLOGIE DE LYON (CRCL)
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