Découvrez le projet DESIRE, financé par la Région AURA

Présentation du projet DESIRE (DendritiquE Scrnaseq bIomaRquEur), financé par la région AURA.

L’équipe de recherche « Immunosurveillance du cancer et ciblage thérapeutique » dirigée par le Dr. Christophe CAUX au Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon (CRCL) et la société lyonnaise de biotechnologie Cellenion (Groupe BICO) ont initié un projet de collaboration en 2020 avec pour objectif le développement et la validation d’une approche en cellule unique pour l’identification de biomarqueurs de réponse à l’immunothérapie au sein des populations de cellules dendritiques.

Ce projet a été financé par la région Auvergne-Rhône-Alpes à travers le financement « Pack Ambition Recherche 2020 ». Ce financement a permis le recrutement d’un chercheur post-doctoral pour coordonner et réaliser le projet. Le développement de cette stratégie novatrice fait appel à de nombreuses technologies de pointe présentes dans les locaux du Centre Léon Bérard et de Cellenion.

En particulier, le projet repose sur l’utilisation du cellenONE, une machine de tri cellulaire, et la cellenCHIP, une puce contenant 384 micro-puits, toutes deux développées par Cellenion. Pour ce projet, les avantages du CellenONE se trouvent dans sa haute précision de distribution cellulaire, et sa capacité à fournir une photographie en 4 couleurs de la cellule triée. Ceci permet de valider la présence d’une seule cellule d’intérêt par puits.

L’utilisation de la cellenCHIP permet l’analyse transcriptomique des cellules triées en limitant le coût des réactifs utilisés. Cette analyse repose sur un protocole de 3’ scRNA-seq développé et adapté pour la cellenCHIP par Cellenion. Le protocole 3’scRNA-seq consiste en la lyse des cellules triées en cellenCHIP, puis la rétrotranscription à partir de l’extrémité 3’ des molécules d’ARN messagers (ARNm) en ADN complémentaire (ADNc) double brin avec incorporation d’un identifiant unique (UMI) pour chaque copie d’ARNm rétrotranscrite. Ensuite, ces ADNc sont amplifiés par PCR, tagmentés et purifiés afin d’être lus sur un séquenceur Illumina.

Les avancées du projet ont permis de mettre en œuvre et évaluer 1) les stratégies d’enrichissement de cellules rares pour une distribution des cellules d’intérêt en cellenCHIP par le cellenONE, 2) la détection par fluorescence de marqueurs cellulaires d’intérêt pour le tri, et 3) le protocole de 3’scRNA-seq utilisant la cellenCHIP développé par Cellenion.

Fort de ces avancées, les efforts actuels se concentrent désormais sur l’optimisation du protocole complet, de la cellule immunitaire isolée de patients jusqu’à l’analyse du transcriptome de ces cellules. L’objectif final est d’analyser les différentes populations de cellules myéloïdes issues de tumeurs fraiches, notamment au cours de traitements par immunothérapie.

Illustration du protocole complet en cours d’optimisation