Analyse intégrée de la dynamique du cancer

Objectifs

Notre objectif est de comprendre la dynamique longitudinale des cancers des voies aérodigestives supérieures afin de prévenir la transformation des lésions prémalignes et le développement de tumeurs primitives secondaires et améliorer l’efficacité des traitements.

Notre stratégie est d’intégrer les paramètres cliniques, anatomo-pathologiques et les profils moléculaires pour décrire au mieux les changements dynamiques au cours de stades précoces de la tumorigénèse et sous la pression de sélection des traitements systémiques et de la radiothérapie.

Nos objectifs sont spécifiquement de comprendre la dynamique évolutive au cours des stades précoces de la tumorigénèse, principalement dans la cavité orale, d’appréhender la diversité et l’hétérogénéité des cancers des voies aéro-digestives supérieures pour une meilleure stratification des patients, et d’identifier de nouvelles cibles thérapeutiques pour les patients atteints de carcinomes épidermoïdes.

Projets

Notre équipe se concentre sur l’étude de la muqueuse des voies aéro-digestives supérieures depuis les stades prénéoplasiques jusqu’aux carcinomes épidermoïdes établis, avant et après traitement systémique.

Notre but à long terme est de diminuer l’incidence des carcinomes épidermoïdes des voies aérodigestives supérieures en prévenant la transformation des lésions orales prémalignes ou le développement de cancers primitifs secondaires dans le champ de cancérisation, et en améliorant l’efficacité des traitements de cancers établis.

Notre objectif scientifique est de comprendre la dynamique longitudinale des carcinomes épidermoïdes des voies aérodigestives supérieures afin de développer des stratégies préventives et thérapeutiques pertinentes biologiquement aux différents temps de l’histoire naturelle de la maladie.

Nous intégrons des données cliniques, anatomo-pathologiques et moléculaires d’échantillons humains et de modèles précliniques, pour comprendre la dynamique des changements au cours du temps pendant les phases précoces de la tumorigénèse et sous la pression de sélection des traitements, afin d’identifier des vulnérabilités biologiques potentiellement actionnables dans le cadre de nouvelles stratégies de prévention et de traitement.

Nos projets s’articulent selon 3 axes :

L’axe 1 vise à comprendre les trajectoires évolutives génétiques et du microenvironnement sous-jacentes à la progression des lésions prémalignes, et d’intégrer les données phénotypiques (profil d’expression génique), génétiques et immunologiques pour améliorer l’évaluation du risque de transformation et développer un rationnel biologique pour des stratégies innovantes de prévention de la transformation.

L’axe 2 vise à caractériser la diversité et l’hétérogénéité des carcinomes épidermoïdes des voies aéro-digestives supérieures avant traitement et à la progression afin d’affiner la classification moléculaire de la maladie et évaluer sa pertinence clinique pour mieux stratifier les patients.

L’axe 3 vise à identifier de nouvelles cibles thérapeutiques par l’exploration systématique et la validation de protéines membranaires non-canoniques (protéines externalisées) dans les carcinomes épidermoïdes des voies aéro-digestives supérieures, en utilisant une approche in silico et protéomique.

Notre approche scientifique est de nature translationnelle et multidisciplinaire, associant l’expertise de chercheurs fondamentaux, translationnelles et des cliniciens. Nous sommes très engagés dans la formation des jeunes biologistes, médecins et pharmaciens, en particulier dans le cadre des doubles parcours.

L’équipe collabore de manière étroite avec de nombreuses équipes du CRCL, au plan national et international. Nous avons développé une expertise de l’analyse intégrée de données haut-débit et cliniques produite par l’équipe ou disponibles dans le domaine publique (TCGA, ICGC, GEO…), et qui est souvent à l’origine de nos travaux collaboratifs.

Nous avons également divers intéractions avec le monde socio-économique sous la forme de collaborations avec l’industrie pharmaceutique (études ancillaires) et des biotechs.

Plus spécifiquement, nous développons un programme de biopsie liquide comme moyen d’appréhender la dynamique des cancers (Inivata, Illumina…) et l’analyse transcriptomique à partir d’échantillons fixés et inclus en paraffine (HTG Molecular Diagnostics). Un autre exemple est un programme financé dont l’objectif est de développer avec Cellenion des approches innovantes pour l’analyse de cellules isolées.