Approches et applications

Approches et applications

Sur l’ADN, recherche des altérations génétiques SNV (substitution, insertion, délétion) ou de nombre de copie génomique CNV dans le génome par :

• Whole genome sequencing (WGS): Séquençage du Génome complet
• Whole exome sequencing (WES): Séquençage de toutes les séquences codantes
• Panel de gènes d’intérêt : composition d’un groupe de gènes dédiés à une étude spécifique (quelques gènes)
• Séquençage des petits fragments ciblés : Méthode Sanger

Sur l’ADN, l’étude de l’interaction entre protéines et l’ADN :

• Chip-seq

Sur l’ARN d’une population de cellules (bulk-ARN ou microbulk (cellules triées), l’évaluation de l’expression de tous les transcrits (transcriptome), et/ou la recherche de transcits de fusion :

• RNAsequencing : méthode total RNA, capture polyA ou capture exome

Sur une population d’ARN spécifique, l’analyse de statut de méthylation des ribosomes :

• RiboMethseq

A partir d’une lame (tissu), étudier l’expression d’un panel de gènes :

• EdgeSeq système (HTG) : panels ciblés commerciaux (RNA ou miRNA)

A l’échelle des cellules uniques, les nouveaux développements technologiques permettent l’analyse de l’expression des gènes et ainsi, par exemple, de caractériser plus précisément l’hétérogénéité cellulaire ou les mécanismes liés au développement des cellules tumorales. Grâce à l’implémentation d’approches multiOmics, il est actuellement possible d’ajouter des niveaux d’information biologique supplémentaires, à l’échelle de la cellule unique, tels que l’expression des protéines de surface ou l’expression des récepteurs BCR et TCR.

• scRNAseq
• CITEseq (Cellular Indexing of Transcriptomes and Epitopes by Sequencing)
• BCR/TCR seq