Organisation spatiale des cellules immunitaires dans le microenvironnement tumoral

Que faisons-nous ?

Conception, validation et utilisation de protocoles d’immunofluorescence multiplexe (mIF) sur coupes de tissus fixés au formol et inclus en paraffine (FFPE) pour caractériser l’environnement immunitaire des tumeurs. Analyses d’images, analyses de l’organisation spatiale des populations de cellules immunitaires pour identifier des biomarqueurs de réponse ou de résistance aux traitements.

Responsable scientifique

Le Dr Bertrand Dubois est un immunologiste expert qui possède une vaste expérience dans le domaine de la contexture immunitaire de divers cancers.
Il dirige un groupe de recherche au Centre de recherche sur le cancer de Lyon (CRCL) qui associe le profilage moléculaire et cellulaire à l’imagerie tissulaire par immunofluorescence afin d’élucider les mécanismes responsables de la surveillance ou de l’échappement immunitaire des tumeurs. Ses travaux actuels portent en particulier sur le rôle des lymphocytes B, des anticorps et des structures lymphoïdes tertiaires dans l’immunité antitumorale.
Fort de plus de 25 ans d’expérience en recherche fondamentale et translationnelle et d’une expertise reconnue en imagerie tissulaire par immunofluorescence multiplexe, il assure la coordination des activités d’analyse spatiale des cellules immunitaires du microenvironnement tumoral.

Techniques

• Mise au point de panels d’immunofluorescence multiplexe  sur coupes de tissus FFPE
• Marquage automatisé (Leica Bond RX) et numérisation des lames
• Analyse des images (segmentation tissulaire et nucléaire, phénotypage)
• Consolidation des données (correction des phénotypes atypiques, calcul des densités cellulaires, obtention des données x,y)
• Alignement d’images de 2 à 3 lames sériées pour augmenter la dimension de l’analyse
• Analyses spatiales (niches cellulaires, voisinages, interactions cellulaires)
• Analyses biostatistiques (résistance vs réponse au traitement, survie)

Membres

• Bertrand Dubois, PhD, HDR, DR2 INSERM
• Justine Berthet, ingénieure
• Anne-Claire Doffin, ingénieure
• Cassandra Assaf, ingénieure