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Plateforme de génomique des cancers

Nos missions

Proposer des services de génomique complets de haute qualité à la communauté scientifique, académique, hospitalière et industrielle. Dotée de personnel expérimenté et d’équipements performants (voir rubrique « Equipe » et « Equipement », nos principales missions consistent :

  • Conseils : nous aidons les porteurs de projets dans le choix de technologies adaptées, nous les assistons si besoin au cours de la réalisation de leurs projets pour répondre aux questions techniques et analytiques.
  • Apport technique : nous réalisons les travaux à l’aide des équipements disponibles, en respectant le cahier des charges établi au préalable avec les porteurs de projet. Le processus de réalisation est détaillé dans le rubrique « Démarche et Déroulement ».
  • Assistance dans l’interprétation des résultats : nous aidons à analyser et interpréter les résultats obtenus, tant sur le plan technologique que sur le plan biologique (signification des variants par exemple) et proposons la poursuite des analyses. Nous les aidons aussi dans la rédaction des publications scientifiques.
  • Implémentation des nouvelles approches ou de nouvelles applications : offrir des technologies de pointes aux chercheurs/cliniciens. Des développements de protocoles spécifiques à la demande sont aussi possible dans le cadre de collaboration.

Nos projets et nos réalisations

  • Réalisation de projets nationaux, multicentriques et institutionnels de profilage génomique dans le cadre d’étude de médecine personnalisée: l’essais clinique porté par Unicancer Safir 01/Safir 02 (2012-2019), l’essai clinique multicentrique pour les cancers pédiatriques Micchado (en cours) et le programme ProfiLER (essai clinique MOST/MegaMOST) du CLB depuis 2014 pour lequel plus de 4000 patients (~700 patients/an) ont été testés à présent. Nous assurons les tests, participons à l’interprétations des résultats et assistons aux réunions de concertations multidisciplinaires (RCP).
  • Réalisation de projets de recherche fondamentale et translationnelle, proposés par les cliniciens et chercheurs du CLB ou du CRCL et en collaboration avec des établissements extérieurs ou de l’industrie. Plusieurs centaines de projets ont été réalisés aussi bien sur l’ADN (WGS, WES, Chip-seq, Panel) que sur l’ARN (RNAseq, RiboMeth-seq, HTG), ainsi qu’en « single-cell’.
  • Le système de qualité au sein de la plateforme a été mis en place dans le but de standardiser les approches validées et pour garantir la qualité des analyses effectuées. Les procédures et modes opératoires pour les différents types d’analyses proposées ont été documentés et suivis pour révision et mise à jour.
  • Développement de nouvelles approches suivant l’évolution technologique en répondant aux questions scientifiques. L’analyse « single-cell » sera un axe de développement et d’innovation important dans l’année à venir.
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