Plateforme Anatomopathologie Recherche Lyon-Est

La plateforme d’Anatomopathologie Recherche de Lyon-Est met à disposition des chercheurs du CRCL et du CLB, ainsi qu’aux entreprises privées des techniques histopathologiques classiques et innovantes de détection moléculaire in situ des protéines et ARNm sur échantillons humains ou animaux. Elle met permet la collaboration entre les chercheurs, les cliniciens et les pathologistes du Centre Léon Bérard, des HCL CHU Lyon-Est et VetAgroSup.

Comment nous joindre ?

Localisation : Bâtiment Cheney B, 3ème étage. Centre Léon Bérard
Mail : anapath.recherche@lyon.unicancer.fr

Organigramme de la plateforme :

– Sylvie Lantuejoul, responsable scientifique
– Nicolas Gadot, responsable opérationnel
– Francesca Damiola, chef de projet technologie DSP Nanostring
– Julie Valantin, référente IHC-HIS
– Laura Francols, référente techniques histologiques et qualité
– Clémentine Le Nevé, référente IF multiplex et technique DSP
– Elodie Voilin, référente analyse d’image et technique DSP

Technologies proposées

Technique d’anatomie pathologique permettant la caractérisation tumorale sur le plan morphologique sur tissus ou cellules humains ou animaux, congelés ou fixés, et grâce à des colorations standards ou spéciales (équipement complet en automates de déshydratation ASP6025 (Leica), d’inclusion en paraffine, de microtomes HM340E (MMF), de coloration de type ST5010-CV5030 (Leica))
Techniques d’immunohistochimie/immunocytochimie automatisées, chromogéniques ou à fluorescence : Automates Discovery XT (Roche), Benchmark ULTRA (Roche), Bond RX (Leica)
Technique d’immunohistochimie multiplex : Vectra Polaris (Akoya)
Technique d’Hybridation In Situ (HIS) : Automates Discovery XT (Roche), Benchmark ULTRA (Roche), Bond RX (Leica)
Technologie Digital Spatial Profiling (DSP, Nanostring)
Plateforme de pathologie digitale : un scanner de lames en lumière blanche et à fluorescence pannoramic scan II (3D HISTECH)
Plateformes d’analyses d’images (n=3) utilisant les softwares Halo (Indicalabs) et Inform (Akoya)
Réalisation de TMA (Tissue MicroArray) grâce à un Tissue microarrayers (Excilone Minicore)
Macro/microdissection par technologie PALM Laser UV (Carl Zeiss)

Technologies innovantes

Plateforme Vectra Polaris Akoya :

Cette plateforme permet de réaliser 6 à 8 immunomarquages multiplexes fluorescents sur une seule coupe tissulaire FFPE (Formalin-Fixed Paraffin-Embedded), grâce à une immunohistochimie séquentielle permettant le dépôt de complexes tyramide-fluorochrome.

Cette technologie nécessite la maitrise des techniques d’IHC conventionnelle mais permet de s’affranchir des problèmes de réactions croisées entre espèces. Le scanner Vectra Polaris permet l’acquisition des images sur 9 canaux de fluorescence. La quantification spectrale et l’analyse des marquages peuvent se faire avec les logiciels Inform ou Halo.

Plateforme GeoMx Digital Spatial Profiling (DSP) NanoString:

Il s’agit d’une technologie innovante qui permet sur une seule coupe tissulaire FFPE, une quantification spatiale jusqu’à 96 protéines ou jusqu’à 18000 ARNs dans des régions d’interêt préalablement identifiées et allant de quelques cellules à 600µm de diamètre.
Elle combine plusieurs techniques : 1- une approche morphologique et immunohistochimique pour déterminer les régions d’interet, 2- une technologie de type IHC ou HIS pour l’hybridation des anticorps ou des sondes couplés à des tag oligonucléotidiques, 3- une étape de quantification de ces oligonucléotides pour obtenir une évaluation précise de l’abondance de chaque protéine ou ARN.

Consulter la plaquette DSP

Accès à la plateforme

Selon les besoins, la plateforme peut apporter une aide technique à une étape précise ou gérer intégralement un projet.

La collaboration avec le chercheur est un élément clé qui doit se faire dès l’initiation et tout au long du projet. Pour les études portant sur des cohortes de patients, l’implication d’un pathologiste est primordiale, autant pour la sélection des patients que pour la validation de marquages ou le suivi du projet. Un point essentiel est le respect des règles du RGPD (Règlement Général sur la Protection des Données).

En pratique :

Dès l’initiation d’un projet, il faut contacter la plateforme via le mail anapath.recherche@lyon.unicancer.fr et nous transmettre une fiche projet. Le microdissecteur et les stations d’analyse d’images sont ouverts aux utilisateurs, après formation et réservation sur les plannings. Toutes les informations pour la soumission d’un projet, ainsi que des protocoles sont disponibles sur : V:\CRCL Plateformes\Formulaires Anapath Recherche (réseau CLB).

Conseils pour la préparation des échantillons

Délai de fixation : dès que possible après sacrifice
Fixation : formol tamponné 10%, PFA : 4%
Volume de fixation: au minimum 10X la taille de l’échantillon
Flacons : préférez des flacons à cols larges, pas de tubes de 15 ml !
Durée de fixation : 24 à 48h
Identification : lisible, claire et complète

Echantillons traités : échantillons animaux, humains, cellules, organoides, structures 3D.

Citez-nous dans vos publications !

Afin de permettre à notre plateforme de poursuivre ses objectifs, nous avons besoin que vous mentionniez notre travail dans vos publications de la manière suivante :
Plateforme Anatomopathologie Recherche, Université de Lyon, Université Claude Bernard Lyon 1, INSERM 1052, CNRS 5286, Centre Léon Bérard, Centre de recherche en cancérologie de Lyon (CRCL), Lyon, 69373, France

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